Ökoloogia ja maateaduste instituut (ÖMI) loodi 1. augustil 2007. Alates 1. jaanuarist 2016 kuulub instituut loodus- ja täppisteaduste valdkonda.
Instituudi koosseisu kuulub viis osakonda: botaanika osakond, geograafia osakond, geoloogia osakond, zooloogia osakond ja loodusteadusliku hariduse keskus.